Poniższy szablon należy odpowiednio uzupełnić.
Usługa InSilicoLab ma na celu wsparcie uruchamiania złożonych astrofizycznych eksperymentów obliczeniowych na infrastrukturze PL-Grid. Pozwala na przygotowanie niezbędnych danych wejściowych (t.j. modułów zadających warunek początkowy, parametry symulacji) dla wspieranych kodów obliczeniowych, wysłanie przygotowanych zadań na grid i ich uruchomienie, a następnie zebranie plików wynikowych i ich wstępną analizę.
Dzięki zapisywaniu danych w katalogach sieciowych, możliwe jest przekazywanie danych z jednego eksperymentu obliczeniowego do drugiego oraz dostęp do nich niezależny od komputera, z którego zlecono zadania. Możliwość zapamiętania eksperymentu pozwala na łatwe odtworzenie cyklu obliczeniowego.
Eksperymenty usługi InSilicoLab for Astrophysics ułatwiają przeprowadzanie symulacji numerycznych bez konieczności własnoręcznej i często bardzo skompikowanej kompilacji kodów astrofizycznych. Usługa przeznaczona jest dla osób początkujących.
Obecnie wspierane jest przeprowadzanie eksperymentów kodem obliczeniowym: Piernik
Aby skorzystać z usługi InSilicoLab for Astrophysics należy aktywować ją w Portalu PL-Grid. Jest ona dostępna w katalogu usług w dziale "Platforma dziedzinowa: AstroGrid-PL".
Dodatkowo wymagane jest aktywowanie usługi "Globalny dostęp gLite" dostępnej w katalogu usług w dziale "Usługi globalne". Uwaga: Zaraz po aktywowaniu usługi "Globalny dostęp gLite" informacje na temat konta użytkownika muszą zostać przekazane do infrastruktury - ten proces może trwać maksymalnie do 6 godzin. W tym czasie może nie być dostępna pełna funkcjonalność (uruchamianie eksperymentów oraz pobieranie danych).
Informacje dotyczące usług i ich aktywowania można znaleźć w rozdziale "Usługi" niniejszego podręcznika.
Należy połączyć się z serwerem usługi
http://insilicolab.astro.plgrid.pl/
Po wejściu do usługi, otwiera się ekran. Jeśli nie byliśmy wcześniej zalogowani do usługi, dostępny jest dla nas jedynie ekran anonimowego użytkownika. Logowanie do własnego konta następuje po przyciśnięciu przycisku Log in... i jest możliwe jest na dwa sposoby:
W celu przeprowadzenia obliczeń niezbędne będzie skonfigurowanie odpowiedniego certyfikatu proxy przez kliknięcie na link Configure your proxy:
Certyfikat proxy konieczny jest do przeprowadzania obliczeń z wykorzystaniem infrastruktury PL-Grid a także przeglądania danych zgromadzonych w zasobach tej infrastruktury. Nie jest natomiast konieczny do przeglądania konta użytkownika i zapisanych przez niego analiz a także do wstępnego przygotowania eksperymentu przy użyciu astrofizycznych kodów numerycznych.
Istnieją dwie możliwości konfiguracji proxy w portalu:
W obu przypadkach, jeśli proxy zostało skonfigurowane poprawnie, zostanie wyświetlona na zielono ilość pozostałego czasu ważności proxy w portalu (w polu Your proxy expires in).
Po skonfigurowaniu certyfikatu proxy można przystąpić do właściwego eksperymentu. W celu uruchomienia symulacji numerycznej z menu Create a new experiment należy wybrać pozycję Piernik.
W przeglądarce otworzy się karta nowego eksperymentu
Identyfikację eksperymentu wprowadzamy podając jego krótką nazwę oraz (opcjonalnie) dłuższy opis. W przypadku niepodania krótkiej nazwy, wykorzystane zostanie pole Title formatki aplikacji kwantowochemicznej. Jeśli oba pola zostaną puste, jako krótka nazwa użyty zostanie tekst "(no title)".
Podstawowy eksperyment umożliwia uruchomienie predefiniowanego testowego problemu numerycznego z listy Select Problem:
W trakcie wykonywania eksperymentu następuje zdalne uruchomienie zadania wsadowego, które ściąga bieżącą wersję kodu Piernik z repozytorium, kompiluje go, a następnie uruchamia zadanie zgodnie z podanymi parametrami eksperymentu.
Po wybraniu jednego z trzech możliwych eksperymentów testowych (otvortex na poniższym przykładzie)
dane wejściowe nie zbędne do uruchomienia eksperymentu numerycznego kodem Piernik, t.j.:
zostaną sciągnięte z zewnętrznego repozytorium. Pliki domyślne można obejrzeć i edytować bezpośrednio w portalu przy pomocy odpowiedniego przycisku Edit.
Po jego naciśnięciu zostanie otworzone okno zawierające zawartość danego pliku
Wszelkie modyfikacje należy zatwierdzić klikając na pole Save w prawym dolnym rogu okna.
Eksperyment uruchomiony z domyślnymi ustawieniami jako rezultat udostępni tylko ostatni plik wynikówy z kodu Piernik oraz szereg plików z wizualizacją danych. W celu zebranie w katalogu LFC wszytkich plików wynikowych należy zaznaczyć polę wyboru Store all data in LFC.
Przed uruchomieniem eksperymentu należy wybrać żądaną liczbę rdzeni obliczeniowych w polu Grid Settings.
Kliknięciem przycisku Run wydajemy polecenie wysłania zadania do wykonania na infrastrukturze PL-Grid. Aktualny stan zadania możemy śledzić w polu Job Execution Status.
Ewentualnie jako osobny podrozdział.