W celu konfiguracji połączenia ArcLink należy z menu wybrać Setup
ArcLink. Pojawi się okno do konfiguracji połączenia (Rys. 4). Można również edytować plik ArcLink.xml zawierający więcej opcji niż można ustawić w oknie konfiguracji. Plik ten zawiera również tymczasowe ustawienia modułu, jak np. ostatnie okno czasowe. Błędna edycja tego pliku może spowodować utratę wcześniejszych ustawień.
Rys. 4 Okno konfiguracji połączenia
Podczas konfiguracji modułu Arclink przez okno dialogowe ustawiany jest adres serwera, port komunikacji (standardowo 18001), maksymalny czas oczekiwania na dane, imię użytkownika (standardowo konto mailowe) i nazwę instytucji. W obecnej wersji hasło i plik z kluczem DCID nie jest ustawiony, gdyż obecny moduł nie obsługuje transmisji kodowanej.
Kolejnym etapem konfiguracji jest pobranie informacji o danych na serwerze. Wykonuje się ją poleceniem