Krótki opis usługi
Usługa pozwala wyszukiwać asocjacje w danych GWAS, wykorzystując metodę selekcji zmiennych Boruta i szybki, stochastyczny klasyfikator, paprocie losowe. Formalnie program duplikuje funkcjonalność kanonicznych implementacji tych narzędzi, pozwala jednak analizować dane GWAS szybciej i z użyciem mniejszych zasobów.
Aktywowanie usługi
Aby skorzystać z usługi należy mieć konto w projekcie PL-Grid (Zakładanie konta w portalu PL-Grid) wraz z aktywnym grantem (Granty obliczeniowe). Oprogramowanie składa się z kilku aplikacji konsolowych, można z nich korzystać zarówno bezpośrednio na systemie obliczeniowym (w trybie interaktywnym lub w skryptach) lub w skryptach uruchamianych za pośrednictwem systemu UNICORE.
Pierwsze kroki
Koniecznie z przykładowymi zrzutami ekranu lub fragmentami kodu.
Zaawansowane użycie
Ewentualnie jako osobny podrozdział.
Gdzie szukać dalszych informacji?
Metoda Boruta jest opisana w artykułach http://www.jstatsoft.org/v36/i11/paper i http://www.biomedcentral.com/1471-2105/15/8 oraz na stronie metody https://m2.icm.edu.pl/boruta, zaś metoda paproci losowych w artykule http://www.jstatsoft.org/v61/i10/paper. Wszelkie pytania prosimy kierować do opiekuna aplikacji, na adres M.Kursa@icm.edu.pl .
Overview
Content Tools