Child pages
  • GPGPU
Skip to end of metadata
Go to start of metadata

Informacje podstawowe

Obliczenia GPGPU (General-Purpose computing on Graphics Processing Units) to wykorzystanie procesorów graficznych wspólnie z jednostką CPU do przyspieszenia obliczeń naukowych i inżynierskich. Infrastruktura PLGrid oferuje swoim użytkownikom dostęp do maszyny zawierającej karty GPU.

Lokalizacja

ACK CYFRONET AGH 

Nazwa systemu Zeus GPGPU
Nazwa maszyny dostępowej ui.cyfronet.pl
Port dostępowy 22
Liczba rdzeni obliczeniowych

504

Liczba kart GPU204
Kolejkagpgpu
OprogramowanieTeraChem, Gromacs, NAMD, GAMESS
Opis konfiguracji zasobów obliczeniowychwww.plgrid.pl/oferta/zasoby_obliczeniowe/opis_zasobow/HPC
Opis systemów składowania danychwww.plgrid.pl/oferta/zasoby_obliczeniowe/opis_zasobow/storage
Informacje rozszerzonekdm.cyfronet.pl/portal/Zeus_GPGPU
Kontakt cyfronet-lcg2@helpdesk.plgrid.pl

Dostęp do usługi

Dostęp do GPGPU jest możliwy po aktywacji usługi. Aby aktywować usługę, postępuj zgodnie z instrukcjami zawartymi w Katalogu Aplikacji i Usług po uprzednim wyszukaniu usługi. 

Usługa wymaga motywacji, którą należy wpisać podczas aplikowania o nią.

Zlecanie zadań

Zadania należy umieszczać w kolejce gpgpu na klastrze Zeus.

Poza ustawieniem w skrypcie typowych parametrów istotnych dla systemu kolejkowego, konieczna jest specyfikacja parametru gpus oznaczającego żądaną liczbę kart graficznych na pojedynczym węźle obliczeniowym. Często oprogramowanie wymaga, aby karta była jednocześnie dostępna dla wielu procesów. Należy wtedy dodatkowo ustawić jej tryb pracy na shared, specyfikując gpus=1:shared lub gpus=2:shared. Inne możliwe tryby pracy to exclusive_thread i exclusive_process.

W razie potrzeby identyfikatory przydzielonych przez system kolejkowy kart graficznych można sprawdzić wyświetlając zawartość pliku wskazywanego przez zmienną środowiskową $PBS_GPUFILE.

 

Przykładowe skrypty dla systemu kolejkowego

 

TeraChem (zrównoleglenie na dwie karty graficzne)
#!/bin/sh

# TeraChem can run on a single node only
#PBS -l nodes=1:ppn=2:terachem:gpus=2:exclusive_process

#PBS -N sample_terachem
#PBS -q gpgpu

cd $PBS_O_WORKDIR

# initializing proper environment for TeraChem
module add gpu/terachem

# actual job
$TERACHEMRUN ch.inp > ch.log
NAMD
#!/bin/sh

#PBS -l nodes=3:ppn=12:gpus=2:shared
#PBS -N sample_namd
#PBS -q gpgpu

cd $PBS_O_WORKDIR

# initializing proper environment for NAMD with GPU support
module add gpu/namd

# actual job
runnamd stmv.namd > stmv2_2x2.log 

GAMESS
#!/bin/sh

# the number of GPUs requested
# at the moment it must be set to 2 per node
#PBS -l nodes=2:ppn=4:gpus=2:exclusive_process

#PBS -N sample_gamess 
#PBS -q gpgpu

# changing directory to the one from which the job is submitted
cd $PBS_O_WORKDIR

# initializing proper environment for GAMESS with GPU support
module add gpu/gamess

# actual job
rungms noq15 >& noq15.log

 

 

 

  • No labels