Konfiguracja programu pozwala na odpowiednie ustawienie elementów jego działania np. definicja regionu, ustawianie faz, rozmieszczenie okien programu, dzięki czemu pracę w programie można ustawić w zależności od indywidualnych potrzeb. Konfiguracja definiuje również sposoby i parametry wszystkich obliczeń potrzebnych do opracowywania wstrząsów
Konfiguracja programu obejmuję konfigurację główną programu niezależną od regionu oraz konfigurację specyficzną dla każdego regionu. Realizowana jest przez pliki konfiguracyjne. Pliki konfiguracji dla SWIP odnoszące się do wszystkich regionów znajdują się w folderze './Config' a konfiguracje dla poszczególnych regionów trzymane w katalogu 'Config/'Region ......', gdzie ...... jest nazwą regionu. Niektóre moduły mogą mieć inaczej trzymane pliki konfiguracyjne, ale jest to opisane w dokumentacji do konkretnego modułu.
Przykładowa konfiguracja, oraz pliki konfiguracyjne regionu 'Song Tranh 2', dołączone repozytorium publicznie dostępnej wersji programu, którą można pobrać z https://git.plgrid.pl/projects/swip/repos/swip5_public/browse.
Poniżej opisane są konfiguracje samego programu SWIP5. Konfiguracje poszczególnych modułów są w dokumentacji do modułów programu.