Prawidłowa praca programu SWIP5 wymaga istnienia systemu katalogów. Główny katalog, gdzie jest umieszczony program, może być umieszczony w dowolnym miejscu na dysku. Jest on katalogiem roboczym programu. W repozytoriach jest to katalog Release. Struktura plików w nim jest następująca:
- W katalogu głównym znajduje się program i biblioteki dynamiczne potrzebne do pracy programu, wspólne dla programu i jego modułów. W katalogu głównym mogą być zapisywane m.in. formy falowe, aczkolwiek zalecane jest tworzenie osobnych katalogów na bufory danych, niekoniecznie powiązanych z systemem plików SWIP5.
- W podkatalogu Cache trzymane są pliki tymczasowe i pliki robocze tworzone w trakcie pracy programy. Np. w tym katalogu są trzymane ikony z „piłkami plażowymi” tensorów momentów sejsmicznych.
- W podkatalogu Config trzymane są wszystkie pliki konfiguracyjne programu, jak również pliki dataless z prametrami stacji sejsmicznych. Osobną rolę pełnią podkatalogi ./Config o nazwach Region XXX , gdzie XXX jest nazwą regionu. Jeżeli określony jest w programie region opracowań, wtedy większość plików konfiguracyjnych jest czytana z podkatalogu ./Config/Region XXX. Niektóre moduły magą czytać z katalogu ./Config pliki konfiguracyjne, gdy region nie jest określony lub w katalogu Config/Region XXX brakuje pliku konfiguracyjnego. Jest on następnie zapisywany do katalogu Config/Region XXX. Nazwa regionu może składać się z kilku wyrazów oddzielonych spacjami. Inne moduły czytają pliki konfiguracyjne tylko z katalogu Config/Region XXX. Jeżeli nie w nim odpowiedniego pliku, to nie wykonują się, komunikuję ostrzeżenie lub błąd i tworzą plik wzorcowy, który trzeba zmodyfikować. Są też moduły, które same tworzą pliki konfiguracyjne z domyślnymi parametrami tylko ostrzeżenie, że tworzą samodzielnie plik konfiguracyjny.
- Podkatalog ./Icons zawiera ikony i mapy bitowe wykorzystywane w programie.
- Do podkatalogu ./Logs zapisywane są logi pracy programu. Tam jest zapisywany plik swip.log zawierający wszystkie komunikaty programu.
- Katalog ./Plugins zawiera wszystkie modułu programu. Funkcjonalność programu zależy od zawartości tego podkatalogu. Znajdują tam się pliki wtyczek, jako biblioteki dynamiczne (np. dll w Windows).
Oprócz wyżej wymienionych podkatalogów, mogą być potrzebne inne podkatalogi wykorzystywane przez konkretne moduły programu.