Page tree

Versions Compared

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.

...

Obliczenia GPGPU (General-Purpose computing on Graphics Processing Units) to wykorzystanie procesorów graficznych wspólnie z jednostką CPU do przyspieszenia obliczeń naukowych i inżynierskich. Infrastruktura PLGrid oferuje swoim użytkownikom dostęp do maszyny zawierającej karty GPU.

Lokalizacja

ACK CYFRONET AGH 

Nazwa systemu Zeus GPGPUPrometheus K40XLPrometheus V100
Nazwa maszyny dostępowej ui.cyfronet.plpro.cyfronet.plpro.cyfronet.pl
Port dostępowy 222222
Liczba rdzeni obliczeniowych

504



Liczba kart GPU20414432
Kolejkaplgrid-gpuplgrid-gpuplgrid-gpu-v100
OprogramowanieGromacs, NAMD, GAMESSTeraChem, Gromacs, NAMD, GAMESS, TensorFlow, Keras, PyTorch
Opis konfiguracji zasobów obliczeniowychwww.plgrid.pl/oferta/zasoby_obliczeniowe/opis_zasobow/HPC
Opis systemów składowania danychwww.plgrid.pl/oferta/zasoby_obliczeniowe/opis_zasobow/storage
Informacje rozszerzoneDokumentacja KDM
Kontakt https://helpdesk.plgrid.pl

Parametry kart GPGPU

2.0 16x
ParametrWartość
DostępnośćZeus (plgrid-gpu)Zeus (plgrid-gpu)Promtheus (plgrid-gpu)Promtheus (plgrid-gpu-v100)
ProducentNVIDIANVIDIANVIDIANVIDIA
ModelM2050M2090K40 XLV100
ArchitekturaFermiFermiKeplerVolta
SzynaPCI-Express PCI-Express 2.0 16xPCI-Express 3.0 16xNVLink
Liczba rdzeni Tensor---640
Liczba rdzeni CUDA28805120
Maksymalna częstotliwość928 MHz1290 MHz
Moc obliczeniowa (HP)-31.33 Tflops
Moc obliczeniowa (DP)1,78 Tflops7,834 Tflops
Moc obliczeniowa (SP)5,34 Tflops15,67 Tflops
Pojemność i typ pamięci12 GB GDDR532 GB HBM2
Przepustowość pamięci288 GB/s900 GB/s

Dostęp do usługi

Dostęp do GPGPU jest możliwy po aktywacji usługi. Aby aktywować usługę, postępuj zgodnie z instrukcjami zawartymi w Katalogu Aplikacji i Usług po uprzednim wyszukaniu usługi. 

Usługa wymaga motywacji, którą należy wpisać podczas aplikowania o nią.

Zlecanie zadań

Dostęp do węzłów z GPGPU

Dla zadań korzystających w obliczeniach z kart GPGPU przeznaczona została specjalna partycja - plgrid-gpu. Aby móc przeprowadzać obliczenia z wykorzystaniem GPGPU na klastrze Prometheus konieczne jest złożenie wniosku o grant właściwy, który przeznaczony zostanie w całości wyłącznie na obliczenia z wykorzystaniem kart GPGPU. Grant taki nie powinien być używany do przeprowadzania obliczeń w partycjach innych niż plgrid-gpu. We wniosku o grant należy wyraźnie zaznaczyć, że wymagany jest dostęp do partycji plgrid-gpu. Zalecane jest także (ale nie jest to konieczne), aby grant taki posiadał w nazwie wyraz gpu (np. obliczeniagpu) - ułatwia to identyfikację grantów. Każdy wniosek o dostęp do partycji plgrid-gpu jest rozpatrywany indywidualnie przez dostawcę zasobów.

Dodatkowo dla obliczeń dedykowanych AI została udostępniona partycja plgrid-gpu-v100 posiadająca karty GPGPU NVIDIA Tesla V100. Dostęp do nich realizowany jest podobnie, jak opisano powyżej dla partycji plgrid-gpu.

...

Code Block
titleNAMD
#!/bin/bash
# NAMD GPPGU requires exactly one working node
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=24
#SBATCH -p plgrid-gpu
#SBATCH --gres=gpu:2
#SBATCH --time 1:00:00

module load plgrid/apps/namd/2.1314-ompi

cd $SLURM_SUBMIT_DIR

if [ ! -f stmv.tar.gz ]; then
        wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/utilities/stmv.tar.gz
fi
tar -xvf stmv.tar.gz -C $SCRATCHDIR

cd $SCRATCHDIR/stmv

sed -i 's/500/5000/g' stmv.namd
sed -i 's/\/usr\/tmp\/stmv-output/\$env\(SCRATCHDIR\)\/stmv-output/g' stmv.namd

namdrun stmv.namd

...