Page History
Uruchamianie obliczeń poprzez oprogramowanie gLite
Aplikowanie o usługę gLite
Dostęp do infrastruktury PL-Grid jest zapewniony m.in. poprzez oprogramowanie pośredniczące gLite.
Aby móc skorzystać infrastruktury PL-Gridu należy wygenerować certyfikat, zaimportować go do przeglądarki oraz zapisać się doWirtualnej Organizacji.
W celu otrzymania uprawnień do korzystania z usługi gLite, należy przejść na stronę
Portalu PL-Grid, wybrać zakładkę Moje konto a następnie w sekcji Usługi Dostępowe wybrać żądaną usługę np. Dostęp do UI gLite - Cyfronet, Dostęp do klastra Galera+ i UI gLite - TASK itd. Po akceptacji żądania użytkownik otrzymuje maila z informacją o nadanych mu uprawnieniach, status wybranej usługi zmienia się wówczas na aktywny. Obecnie można korzystać z usługi gLite poprzez komputery - ICM ( Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego), Cyfronet (Akademickie Centrum Komputerowe AGH), PCSS (Poznańskie Centrum Superkomputerowo-Sieciowe),TASK (Trójmiejskiej Akademickiej Sieci Komputerowej), WCSS (Wrocławskie Centrum Sieciowo-Superkomputerowe). Użytkownik może wnioskować o dostęp do gLite poprzez komputery jednego lub kilku centrów komputerowych.
Posiadając wymagane uprawnienia użytkownik może logować się do komputerów wybranej przez siebie instytucji i prowadzić obliczenia w ramach przypisanego do niego grantu.
!certyfikat.png|width=600 !
Maszyny dostępowe gLite =
Posiadając aktywny dotęp do usługi gLite w wybranej instytucji użytkownik możne logować się na jej komputery.
Tabela zawiera potrzebne dane do pracy na poszczególnych maszynach.
Po zalogowaniu użytkownik ma możliwość korzystania z poleceń linii komend pozwalających na m.in. zarządzanie zadaniami i danymi w Gridzie typu gLite. Polecenia te opisane są w podręczniku obsługi Gridu gLite.
...
Na komputerze z systemem operacyjnym typu Unix należy wykonać polecenie (pamiętając o podmianie plgkowalski na własny identyfikator):
ssh plgkowalski@ui.plgrid.icm.edu.pl
JDL (Job Description Language) =
JDL - język, który służy do opisu zadania obliczeniowego. Pliki JDL zawierają informacje potrzebne dla Resource Brokera:
- Typ zadania (szeregowe/równoległe),
- Jakie zasoby są potrzebne do wykonania zadania (ile procesorów potrzebuje zadanie, jakie są pliki wejściowe, wyjściowe),
- Gdzie można znaleźć plik wykonywalny,
Każda linia musi być zakończona znakiem ";", po którym nie może już nic występować.
Prosty plikjob.jdl,Code Block $ cat job.jdl Executable = "/bin/hostname"; Arguments = "-f"; StdOutput = "job.out"; StdError = "job.err"; OutputSandbox = {"job.out", "job.err"};gdzie:
Code Block Executable #plik wykonywalny Arguments #argumenty dla pliku wykonywalnego StdOutput #plik, w którym znajdzie się strumień STDOUT StdError #plik, w którym znajdzie się strumień STDERR OutputSandbox #zawartość OutputSandbox - lista plików wyjścia zadania
Dodatkowo w pliku jdl możemy zdefiniować
wymuszenie liczenia zadania na konkretnym CEId
Code Block Requirements = other.GlueCEUniqueID == "CEId";
rodzaj zadania Normal lub MPICH
Code Block JobType = "Normal";
Code Block JobType = "MPICH"; NodeNumber = 4;
wysyłane pliki na klaster; pliki w "" oddzielone ’,’
Code Block InputSandbox = {"test.sh", "fileA", "fileB", ...};
Zlecenie zadania gridowego
Po zarejestrowaniu się w vo.plgrid.pl użytkownik może wysłać zadanie testowe.
W wybranym edytorze przygotuj plik job.jdl, który można umieścić/skopiować na maszynie dostępowej gLite (np. ui.cyf-kr.edu.pl)
Prosty plik job.jdl
| Code Block |
|---|
$ cat job.jdl
Executable = "/bin/hostname";
Arguments = "-f";
StdOutput = "job.out";
StdError = "job.err";
OutputSandbox = {"job.out", "job.err"};
|
gdzie:
| Code Block |
|---|
Executable #plik wykonywalny
Arguments #argumenty dla pliku wykonywalnego
StdOutput #plik, w którym znajdzie się strumień STDOUT
StdError #plik, w którym znajdzie się strumień STDERR
OutputSandbox #zawartość OutputSandbox - lista plików wyjścia zadania
|
__Więcej informacji o przygotowaniu opisu zadania+
Tworzenie proxy
Podstawowym poleceniem do generowania certyfikatu proxy dla użytkowników PL-Grid jest:
| Code Block |
|---|
$ voms-proxy-init --voms vo.plgrid.pl
|
...
Jeśli użytkownik wyeksportował swój klucz prywatny i certyfikat do bazy LDAP PL-Grid, to ma je dostępne na dowolnym UI ze skonfigurowanym keyFS. Aby wygenerować certyfikat proxy na UI korzystając z keyFS, należy wskazać keyFS jako źródło klucza prywatnego i certyfikatu:
| Code Block |
|---|
creds keyfs
|
a następnie użyć voms-proxy-init lub grid-proxy-init:
| Code Block |
|---|
voms-proxy-init -voms vo.plgrid.pl
grid-proxy-init
|
Aby wygenerować certyfikat proxy korzystając z klucza prywatnego i certyfikatu lokalnie (znajdujących się w katalogu $HOME/.globus), należy wskazać jako źródło klucza prywatnego i certyfikatu local:
| Code Block |
|---|
creds local
|
a następnie użyć voms-proxy-init lub grid-proxy-init:
| Code Block |
|---|
voms-proxy-init -voms vo.plgrid.pl
grid-proxy-init
|
...
Aby wygenerować certyfikat proxy na UI bez keyFS, należy upewnić się, że klucz prywatny oraz certyfikat są dostępne w katalogu $HOME/.globus (a jeśli nie, to je tam skopiować) i użyć polecenia voms-proxy-init lub grid-proxy-init:
| Code Block |
|---|
voms-proxy-init -voms vo.plgrid.pl
grid-proxy-init
|
Wysłanie zadania
| Code Block |
|---|
$ glite-wms-job-submit -a job.jdl
Connecting to the service https://rb1.cyf-kr.edu.pl:7443/glite_wms_wmproxy_server
====================== glite-wms-job-submit Success ======================
The job has been successfully submitted to the WMProxy
Your job identifier is:
https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/AgP9eWoJf0l4YMiESWrRow
==========================================================================
|
Sprawdzenie statusu wysłanego zadania, wykorzystując przydzielony identyfikator
| Code Block |
|---|
$ glite-wms-job-status https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q
*************************************************************
BOOKKEEPING INFORMATION:
Status info for the Job : https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q
Current Status: Waiting
Submitted: Thu Jul 23 10:32:46 2009 CEST
*************************************************************
|
Powtarzanie powyższej komendy pozwala zaobserwować zmieniający się status zadania
| Code Block |
|---|
Current Status: Ready
Current Status: Scheduled
Current Status: Running
|
Ostatecznie powinniśmy otrzymać informację o prawidłowym zakończeniu obliczeń
| Code Block |
|---|
$ glite-wms-job-status https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q
*************************************************************
BOOKKEEPING INFORMATION:
Status info for the Job : https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q
Current Status: Done (Success)
Exit code: 0
Status Reason: Job terminated successfully
Destination: ce.cyf-kr.edu.pl:2119/jobmanager-pbs-gaussian
Submitted: Thu Jul 23 10:32:46 2009 CEST
*************************************************************
|
Zebranie wyników zadania
Otrzymane pliki można np. ściągnąć na maszynę dostępową do katalogi output *
Code Block $ glite-wms-job-output --dir output https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q Connecting to the service https://149.156.9.29:7443/glite_wms_wmproxy_server ================================================================================ JOB GET OUTPUT OUTCOME Output sandbox files for the job: https://lb.grid.cyf-kr.edu.pl:9000/qn69-B5xUIl40yY5oP9f9Q have been successfully retrieved and stored in the directory: /home/people/.../.../job1/output ================================================================================ $ cd output/ $ ls job.err job.out
...
Overview
Content Tools