Obliczenia GPGPU (General-Purpose computing on Graphics Processing Units) to wykorzystanie procesorów graficznych wspólnie z jednostką CPU do przyspieszenia obliczeń naukowych i inżynierskich. Infrastruktura PLGrid oferuje swoim użytkownikom dostęp do maszyny zawierającej karty GPU.
Lokalizacja | ACK CYFRONET AGH |
---|---|
Nazwa systemu | Zeus GPGPU |
Nazwa maszyny dostępowej | ui.cyfronet.pl |
Port dostępowy | 22 |
Liczba rdzeni obliczeniowych | 504 |
Liczba kart GPU | 204 |
Kolejka | gpgpu |
Oprogramowanie | TeraChem, Gromacs, NAMD, GAMESS |
Opis konfiguracji zasobów obliczeniowych | www.plgrid.pl/oferta/zasoby_obliczeniowe/opis_zasobow/HPC |
Opis systemów składowania danych | www.plgrid.pl/oferta/zasoby_obliczeniowe/opis_zasobow/storage |
Informacje rozszerzone | kdm.cyfronet.pl/portal/Zeus_GPGPU |
Kontakt | cyfronet-lcg2@helpdesk.plgrid.pl |
Dostęp do GPGPU jest możliwy po aktywacji usługi. Aby aktywować usługę, postępuj zgodnie z instrukcjami zawartymi w Katalogu Aplikacji i Usług po uprzednim wyszukaniu usługi.
Usługa wymaga motywacji, którą należy wpisać podczas aplikowania o nią.
Zadania należy umieszczać w kolejce gpgpu na klastrze Zeus.
Poza ustawieniem w skrypcie typowych parametrów istotnych dla systemu kolejkowego, konieczna jest specyfikacja parametru gpus oznaczającego żądaną liczbę kart graficznych na pojedynczym węźle obliczeniowym. Często oprogramowanie wymaga, aby karta była jednocześnie dostępna dla wielu procesów. Należy wtedy dodatkowo ustawić jej tryb pracy na shared, specyfikując gpus=1:shared lub gpus=2:shared. Inne możliwe tryby pracy to exclusive_thread i exclusive_process.
W razie potrzeby identyfikatory przydzielonych przez system kolejkowy kart graficznych można sprawdzić wyświetlając zawartość pliku wskazywanego przez zmienną środowiskową $PBS_GPUFILE.
#!/bin/sh # TeraChem can run on a single node only #PBS -l nodes=1:ppn=2:terachem:gpus=2:exclusive_process #PBS -N sample_terachem #PBS -q gpgpu cd $PBS_O_WORKDIR # initializing proper environment for TeraChem module add gpu/terachem # actual job $TERACHEMRUN ch.inp > ch.log
#!/bin/sh #PBS -l nodes=3:ppn=12:gpus=2:shared #PBS -N sample_namd #PBS -q gpgpu cd $PBS_O_WORKDIR # initializing proper environment for NAMD with GPU support module add gpu/namd # actual job runnamd stmv.namd > stmv2_2x2.log
#!/bin/sh # the number of GPUs requested # at the moment it must be set to 2 per node #PBS -l nodes=2:ppn=4:gpus=2:exclusive_process #PBS -N sample_gamess #PBS -q gpgpu # changing directory to the one from which the job is submitted cd $PBS_O_WORKDIR # initializing proper environment for GAMESS with GPU support module add gpu/gamess # actual job rungms noq15 >& noq15.log