Page History
...
| Table of Contents | ||||
|---|---|---|---|---|
|
...
Aplikacja GAUSSIAN
| Code Block |
|---|
#QCG queue=plgrid-long
#QCG name=etanal
#QCG note=etanal Gaussian
#QCG output=${JOB_ID}.output
#QCG error=${JOB_ID}.error
#QCG stage-in-file=etanal.gjf -> etanal.gjf
#QCG stage-out-file=wynik.tar -> ${JOB_ID}.tar
#QCG nodes=1:12
#QCG host=galera.task.gda.pl
#QCG persistent
#QCG walltime=P7D
#QCG notify=mailto:piontek@man.poznan.pl
#QCG memory=15360
#QCG preprocess=echo START
#QCG application=g09
#QCG argument=etanal.gjf
#QCG postprocess=tar cvf wynik.tar *
|
Operacje na danych
Eksperyment polegający na:
- przegraniu z katalogu, z którego wykonano polecenie qcg-sub podkatalogu inputs na klaster na docelowy klaster (reef).
- zleceniu do wykonania na klastrze reef w kolejce plgrid polecenia /bin/tar pakującego przegrany wczesnej katalog inputs do pliku output.tgz.
- przesłaniu pliku output.tgz do katalogu, z którego wykonano polecenie qcg-sub pod tę samą nazwę.
Aplikacja GAMESS
| Code Block |
|---|
#!/bin/bash #QCG queue=plgrid-long #QCG persistentwalltime=P4D #QCG host=reef.man.poznan.plnote=nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_galera #QCG output=outputs/nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_galera.output #QCG error=error outputs/nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_galera.error #QCG stage-in-dir=inputsfile=nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_galera.inp -> inputs /bin/tar -czf output.tgz inputs/input.* nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_galera.inp #QCG stage-out-file=output.tgz -> output.tgz |
...
nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_galera.log -> outputs/nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_galera.log
#QCG nodes=2:12
#QCG memory=16000
#QCG host=galera
#QCG application=gamess
#QCG argument=nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_galera.inp |
Aplikacja NAMD
| Code Block |
|---|
#QCG note=NAMD apoa1 #QCG name=ex_1 #QCG host=hydra.icm.edu.pl #QCG walltime=PT10M #QCG queue=plgrid #QCG nodes=1:12:12 #QCG persistent #QCG output=apoa1.output #QCG error=apoa1.error #QCG application=NAMD #QCG argument=apoa1/apoa1.namd #QCG stage-in-file=apoa1.zip #QCG preprocess=unzip apoa1.zip #QCG stage-out-dir=. -> results #QCG notify=xmpp:tomasz.piontek@plgrid.pl #QCG watch-output=mailto:tp@mail,20,ENERGY |
...
Konwersja pliku tekstowego
| Code Block |
|---|
#!/bin/bash
#QCG host=zeus
#QCG queue=plgrid
#QCG walltime=PT5M
#QCG output=${JOB_ID}.output
#QCG error=${JOB_ID}.error
#QCG stage-in-file=input.txt -> lower.txt
cat lower.txt | tr "[:lower:]" "[:upper:]" > upper.txt
echo "Liczba znakow: " `wc -m upper.txt`
sleep 120
echo "Koniec: " `date`
#QCG stage-out-file=upper.txt -> ${JOB_ID}.upper |
...
Overview
Content Tools