Page tree
Skip to end of metadata
Go to start of metadata


QCG-SimpleClient oferuje prosty, wzorowany na poleceniach systemu kolejkowego, interfejs do infrastruktury QCG.

Wszystkie przykłady prezentowane na tej stronie mają na celu przedstawienie możliwego opisu zadania dla danej aplikacji.

Nie stanowią rekomendacji i są tylko przykładami, które można dowolnie rozszerzać i modyfikować.

W większości przypadków do uruchomienia tych zadań konieczne są pliki wejściowe, które nie są tu dostarczane.

 

 

Aplikacja Abaqus

#QCG host=bem
#wymaganie pamieci w mb
#QCG memory=2000
#liczba wezlow/rdzeni
#QCG nodes=1:4

#QCG application=abaqus
#QCG argument=design.inp
#QCG stage-in-file=design.inp

#QCG stage-out-dir= . -> abaqus-results-${JOB_ID}
#QCG output=output.${JOB_ID}
#QCG error=error.${JOB_ID}

 

Aplikacji ABINIT

#QCG queue=plgrid-long
#QCG note=4QLsTi+Ni_h3
#QCG output=myjob.log
#QCG error=myjob.error
#QCG stage-in-file=Bi2Se3.in
#QCG stage-in-file=Bi2Se3x.files
#QCG stage-in-file=34se.6.hgh
#QCG stage-in-file=83bi.5.hgh
#QCG stage-in-file=22ti.4.hgh
#QCG stage-in-file=28ni.10.hgh
#QCG stage-out-dir=. -> results-${JOB_ID}
#QCG nodes=1:8
#QCG memory=12000
#QCG host=hydra
#QCG walltime=P7D
#QCG application=abinit
#QCG argument=Bi2Se3x.files
#QCG grant=moj_grant

 

Aplikacja GAMESS

 #!/bin/bash
 
#QCG queue=plgrid-long
#QCG walltime=P4D
#QCG note=nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_tryton
#QCG output=outputs/nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_tryton.output
#QCG error=outputs/nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_tryton.error
#QCG stage-in-file=nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_tryton.inp -> nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_tryton.inp
#QCG stage-out-file=nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_tryton.log -> outputs/nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_tryton.log
#QCG nodes=2:12
#QCG memory=16000
#QCG host=tryton
#QCG application=gamess
#QCG argument=nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_tryton.inp
 

Aplikacja GAUSSIAN

#QCG queue=plgrid-long
#QCG name=etanal
#QCG note=etanal Gaussian
#QCG output=${JOB_ID}.output
#QCG error=${JOB_ID}.error
#QCG stage-in-file=etanal.gjf -> etanal.gjf
#QCG stage-out-file=wynik.tar -> ${JOB_ID}.tar 
#QCG nodes=1:12
#QCG host=tryton.task.gda.pl
#QCG walltime=P7D
#QCG notify=mailto:piontek@man.poznan.pl
#QCG memory=15360

#QCG preprocess=echo START
#QCG application=g09
#QCG argument=etanal.gjf 
#QCG postprocess=tar cvf wynik.tar *

 

Aplikacja NAMD

#QCG note=NAMD apoa1
#QCG name=ex_1                                                            
#QCG host=hydra.icm.edu.pl                                                
#QCG walltime=PT10M                                                       
#QCG queue=plgrid                                                         
#QCG nodes=1:12:12                                                                                                      
#QCG output=apoa1.output                                                  
#QCG error=apoa1.error                                                    
#QCG application=NAMD                                                     
#QCG argument=apoa1/apoa1.namd                                            
#QCG stage-in-file=apoa1.zip                                              
#QCG preprocess=unzip apoa1.zip                                           
#QCG stage-out-dir=. -> results                                        
#QCG notify=xmpp:tomasz.piontek@plgrid.pl  
#QCG watch-output=mailto:tp@mail,20,ENERGY

Aplikacja R

#QCG host=zeus
#QCG queue=plgrid
#QCG walltime=PT5M
#QCG application=R
 
#QCG output=${JOB_ID}.output
#QCG error=${JOB_ID}.error
#QCG argument=PoDA-example.R
#QCG stage-in-file=PoDA-example.R
#QCG stage-in-file=PoDA.R 
#QCG stage-in-file=PoDA-example-data.RData
#QCG stage-out-file=Rplots.pdf

 

Konwersja pliku tekstowego

#!/bin/bash 
 
#QCG host=zeus
#QCG queue=plgrid
#QCG walltime=PT5M
 
#QCG output=${JOB_ID}.output
#QCG error=${JOB_ID}.error
 
#QCG stage-in-file=input.txt -> lower.txt
 
cat lower.txt | tr "[:lower:]" "[:upper:]" > upper.txt
echo "Liczba znakow: " `wc -m upper.txt`
sleep 120
echo "Koniec: " `date`
 
#QCG stage-out-file=upper.txt -> ${JOB_ID}.upper

Własna Aplikacja MPI

#QCG note=CPminV04_mpi1024
#QCG host=tryton.task.gda.pl
#QCG nodes=4:12:2
#QCG queue=plgrid
#QCG stage-in-dir=.->.
#QCG stage-in-file=../minV04
#QCG stage-out-dir=outdata
#QCG stage-out-file=log
module load openmpi
mpirun -machinefile $QCG_NODEFILE --cpus-per-proc 6 --bysocket  ./minV04 > log

Zadanie parametryczne

#!/bin/bash

#QCG walltime=PT5M

#QCG parameter-sweep=MONTH->list:Jan,Feb
#QCG parameter-sweep=DAY->for:0..10..5

#QCG output=${JOB_ID}.output 

echo ${JOB_ID} parameters: MONTH=${MONTH}   DAY=${DAY}

  • No labels