Versions Compared

Old Version 1

changes.mady.by.user Unknown User (plgpiontek)

Saved on

compared with

New Version Current

changes.mady.by.user Unknown User (plgpiontek)

Saved on

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.
Section
Column

Column


QCG-SimpleClient oferuje prosty, wzorowany na poleceniech poleceniach systemu kolejkowego, interfejs do infrastruktury QCG.

Note

Wszystkie przykłady prezentowane na tej stronie mają na celu przedstawienie możliwego opisu zadania dla danej aplikacji.

Nie stanowią rekomendacji i są tylko przykładami, które można dowolnie rozszerzać i modyfikować.

W większości przypadków do uruchomienia tych zadań konieczne są pliki wejściowe, które nie są tu dostarczane.

 

Table of Contents
maxLevel3
classmenu-right

 

 

...

Aplikacja Abaqus

Code Block
#QCG queue=plgrid-long
#QCG name=etanal
#QCG note=etanal Gaussianhost=bem
#wymaganie pamieci w mb
#QCG memory=2000
#liczba wezlow/rdzeni
#QCG nodes=1:4

#QCG application=abaqus
#QCG argument=design.inp
#QCG stage-in-file=design.inp

#QCG stage-out-dir= . -> abaqus-results-${JOB_ID}
#QCG output=output.${JOB_ID}.output
#QCG error=error.${JOB_ID}

 

Aplikacji ABINIT

Code Block
#QCG queue=plgrid-long
#QCG note=4QLsTi+Ni_h3
#QCG output=myjob.log
#QCG error=myjob.error
#QCG stage-in-file=etanal.gjf -> etanal.gjfBi2Se3.in
#QCG stage-in-file=Bi2Se3x.files
#QCG stage-in-file=34se.6.hgh
#QCG stage-in-file=83bi.5.hgh
#QCG stage-in-file=22ti.4.hgh
#QCG stage-in-file=28ni.10.hgh
#QCG stage-out-filedir=wynik.tar -> results-${JOB_ID}.tar 
#QCG nodes=1:128
#QCG host=galera.task.gda.plmemory=12000
#QCG persistenthost=hydra
#QCG walltime=P7D
#QCG notify=mailto:piontek@man.poznan.plapplication=abinit
#QCG argument=Bi2Se3x.files
#QCG memory=15360
grant=moj_grant

 

Aplikacja GAMESS

Code Block
 #!/bin/bash
 
#QCG preprocess=echo STARTqueue=plgrid-long
#QCG walltime=P4D
#QCG application=g09note=nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_tryton
#QCG argument=etanal.gjf 
#QCG postprocess=tar cvf wynik.tar *

 

Operacje na danych

Eksperyment polegający na:

  • przegraniu z katalogu, z którego wykonano polecenie qcg-sub podkatalogu inputs na klaster na docelowy klaster (reef).
  • zleceniu do wykonania na klastrze reef w kolejce plgrid polecenia /bin/tar pakującego przegrany wczesnej katalog inputs do pliku output.tgz.
  • przesłaniu pliku output.tgz do katalogu, z którego wykonano polecenie qcg-sub pod tę samą nazwę.
output=outputs/nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_tryton.output
#QCG error=outputs/nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_tryton.error
#QCG stage-in-file=nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_tryton.inp -> nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_tryton.inp
#QCG stage-out-file=nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_tryton.log -> outputs/nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_tryton.log
#QCG nodes=2:12
#QCG memory=16000
#QCG host=tryton
#QCG application=gamess
#QCG argument=nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_tryton.inp
 

Aplikacja GAUSSIAN

Code Block
#QCG queue=plgrid-long
#QCG name=etanal
#QCG note=etanal Gaussian
#QCG output=${JOB_ID}.output
#QCG error=${JOB_ID}.error
Code Block
#!/bin/bash

#QCG queue=plgrid
#QCG persistent
#QCG host=reef.man.poznan.pl
#QCG output=output
#QCG error=error

#QCG stage-in-dirfile=inputsetanal.gjf -> inputs

/bin/tar -czf output.tgz inputs/input.*

#QCG stage-out-file=output.tgz -> output.tgz

 

etanal.gjf
#QCG stage-out-file=wynik.tar -> ${JOB_ID}.tar 
#QCG nodes=1:12
#QCG host=tryton.task.gda.pl
#QCG walltime=P7D
#QCG notify=mailto:piontek@man.poznan.pl
#QCG memory=15360

#QCG preprocess=echo START
#QCG application=g09
#QCG argument=etanal.gjf 
#QCG postprocess=tar cvf wynik.tar *

 

Aplikacja

...

NAMD

Code Block
#QCG note=NAMD apoa1
#QCG name=ex_1                                                            
#QCG host=hydra.icm.edu.pl                                                
#QCG walltime=PT10M                                                       
#QCG queue=plgrid                                                         
#QCG nodes=1:12:12                                                        
#QCG persistent                                                           
#QCG output=apoa1.output                                                  
#QCG error=apoa1.error                                                    
#QCG application=NAMD                                                     
#QCG argument=apoa1/apoa1.namd                                            
#QCG stage-in-file=apoa1.zip                                              
#QCG preprocess=unzip apoa1.zip                                           
#QCG stage-out-dir=. -> results                                        
#QCG notify=xmpp:tomasz.piontek@plgrid.pl  
#QCG watch-output=mailto:tp@mail,20,ENERGY

Aplikacja R

Code Block
#QCG host=zeus
#QCG queue=plgrid
#QCG walltime=PT5M
#QCG application=R
 
#QCG output=${JOB_ID}.output
#QCG error=${JOB_ID}.error
#QCG argument=PoDA-example.R
#QCG stage-in-file=PoDA-example.R
#QCG stage-in-file=PoDA.R 
#QCG stage-in-file=PoDA-example-data.RData
#QCG stage-out-file=Rplots.pdf

  

Konwersja pliku tekstowego

Code Block
#!/bin/bash 
 
#QCG host=zeus
#QCG queue=plgrid
#QCG walltime=PT5M
 
#QCG output=${JOB_ID}.output
#QCG error=${JOB_ID}.error
 
#QCG stage-in-file=input.txt -> lower.txt
 
cat lower.txt | tr "[:lower:]" "[:upper:]" > upper.txt
echo "Liczba znakow: " `wc -m upper.txt`
sleep 120
echo "Koniec: " `date`
 
#QCG stage-out-file=upper.txt -> ${JOB_ID}.upper

Własna Aplikacja MPI

Code Block
#QCG note=CPminV04_mpi1024
#QCG host=tryton.task.gda.pl
#QCG nodes=4:12:2
#QCG queue=plgrid
#QCG stage-in-dir=.->.
#QCG stage-in-file=../minV04
#QCG stage-out-dir=outdata
#QCG stage-out-file=log
module load openmpi
mpirun -machinefile $QCG_NODEFILE --cpus-per-proc 6 --bysocket  ./minV04 > log

Zadanie parametryczne

Code Block
#!/bin/bash

#QCG walltime=PT5M

#QCG parameter-sweep=MONTH->list:Jan,Feb
#QCG parameter-sweep=DAY->for:0..10..5

#QCG output=${JOB_ID}.output 

echo ${JOB_ID} parameters: MONTH=${MONTH}   DAY=${DAY}