Section |
---|
Column |
---|
![](https://docs.cyfronet.pl/download/attachments/10059874/qcg_logo.png?version=1&modificationDate=1363859425000&api=v2)
|
Column |
---|
QCG-SimpleClient oferuje prosty, wzorowany na poleceniech poleceniach systemu kolejkowego, interfejs do infrastruktury QCG. |
|
Note |
---|
Wszystkie przykłady prezentowane na tej stronie mają na celu przedstawienie możliwego opisu zadania dla danej aplikacji. Nie stanowią rekomendacji i są tylko przykładami, które można dowolnie rozszerzać i modyfikować. W większości przypadków do uruchomienia tych zadań konieczne są pliki wejściowe, które nie są tu dostarczane. |
...
Aplikacja Abaqus
Code Block |
---|
#QCG queue=plgrid-long
#QCG name=etanal
#QCG note=etanal Gaussianhost=bem
#wymaganie pamieci w mb
#QCG memory=2000
#liczba wezlow/rdzeni
#QCG nodes=1:4
#QCG application=abaqus
#QCG argument=design.inp
#QCG stage-in-file=design.inp
#QCG stage-out-dir= . -> abaqus-results-${JOB_ID}
#QCG output=output.${JOB_ID}.output
#QCG error=error.${JOB_ID}
|
Aplikacji ABINIT
Code Block |
---|
#QCG queue=plgrid-long
#QCG note=4QLsTi+Ni_h3
#QCG output=myjob.log
#QCG error=myjob.error
#QCG stage-in-file=Bi2Se3.in
#QCG stage-in-file=Bi2Se3x.files
#QCG stage-in-file=34se.6.hgh
#QCG stage-in-file=etanal.gjf -> etanal.gjf83bi.5.hgh
#QCG stage-in-file=22ti.4.hgh
#QCG stage-in-file=28ni.10.hgh
#QCG stage-out-filedir=wynik.tar -> results-${JOB_ID}.tar
#QCG nodes=1:128
#QCG host=galera.task.gda.plmemory=12000
#QCG persistenthost=hydra
#QCG walltime=P7D
#QCG notify=mailto:piontek@man.poznan.plapplication=abinit
#QCG argument=Bi2Se3x.files
#QCG memory=15360
grant=moj_grant |
Aplikacja GAMESS
Code Block |
---|
#!/bin/bash
#QCG preprocess=echo STARTqueue=plgrid-long
#QCG walltime=P4D
#QCG application=g09note=nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_tryton
#QCG argument=etanal.gjf
#QCG postprocess=tar cvf wynik.tar *
|
Operacje na danych
Eksperyment polegający na:
- przegraniu z katalogu, z którego wykonano polecenie qcg-sub podkatalogu inputs na klaster na docelowy klaster (reef).
- zleceniu do wykonania na klastrze reef w kolejce plgrid polecenia /bin/tar pakującego przegrany wczesnej katalog inputs do pliku output.tgz.
- przesłaniu pliku output.tgz do katalogu, z którego wykonano polecenie qcg-sub pod tę samą nazwę.
Code Block |
---|
#!/bin/bash
#QCG queue=plgrid
#QCG persistent
#QCG host=reef.man.poznan.pl
#QCG output=output
#QCG error=error
#QCG stage-in-dir=inputs -> inputs
/bin/tar -czf output.tgz inputs/input.*
#QCG stage-out-file=output.tgz -> output.tgz |
output=outputs/nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_tryton.output
#QCG error=outputs/nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_tryton.error
#QCG stage-in-file=nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_tryton.inp -> nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_tryton.inp
#QCG stage-out-file=nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_tryton.log -> outputs/nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_tryton.log
#QCG nodes=2:12
#QCG memory=16000
#QCG host=tryton
#QCG application=gamess
#QCG argument=nano3_3+hcl-gms-mp2-accd_F00_tryton.inp |
Aplikacja GAUSSIAN
Code Block |
---|
#QCG queue=plgrid-long
#QCG name=etanal
#QCG note=etanal Gaussian
#QCG output=${JOB_ID}.output
#QCG error=${JOB_ID}.error
#QCG stage-in-file=etanal.gjf -> etanal.gjf
#QCG stage-out-file=wynik.tar -> ${JOB_ID}.tar
#QCG nodes=1:12
#QCG host=tryton.task.gda.pl
#QCG walltime=P7D
#QCG notify=mailto:piontek@man.poznan.pl
#QCG memory=15360
#QCG preprocess=echo START
#QCG application=g09
#QCG argument=etanal.gjf
#QCG postprocess=tar cvf wynik.tar *
|
Aplikacja
...
NAMD
Code Block |
---|
#QCG note=NAMD apoa1
#QCG name=ex_1
#QCG host=hydra.icm.edu.pl
#QCG walltime=PT10M
#QCG queue=plgrid
#QCG nodes=1:12:12
#QCG persistent
#QCG output=apoa1.output
#QCG error=apoa1.error
#QCG application=NAMD
#QCG argument=apoa1/apoa1.namd
#QCG stage-in-file=apoa1.zip
#QCG preprocess=unzip apoa1.zip
#QCG stage-out-dir=. -> results
#QCG notify=xmpp:tomasz.piontek@plgrid.pl
#QCG watch-output=mailto:tp@mail,20,ENERGY |
Aplikacja R
Code Block |
---|
#QCG host=zeus
#QCG queue=plgrid
#QCG walltime=PT5M
#QCG application=R
#QCG output=${JOB_ID}.output
#QCG error=${JOB_ID}.error
#QCG argument=PoDA-example.R
#QCG stage-in-file=PoDA-example.R
#QCG stage-in-file=PoDA.R
#QCG stage-in-file=PoDA-example-data.RData
#QCG stage-out-file=Rplots.pdf |
...
Konwersja pliku tekstowego
Code Block |
---|
#!/bin/bash
#QCG host=zeus
#QCG queue=plgrid
#QCG walltime=PT5M
#QCG output=${JOB_ID}.output
#QCG error=${JOB_ID}.error
#QCG stage-in-file=input.txt -> lower.txt
cat lower.txt | tr "[:lower:]" "[:upper:]" > upper.txt
echo "Liczba znakow: " `wc -m upper.txt`
sleep 120
echo "Koniec: " `date`
#QCG stage-out-file=upper.txt -> ${JOB_ID}.upper |
Własna Aplikacja MPI
Code Block |
---|
#QCG note=CPminV04_mpi1024
#QCG host=tryton.task.gda.pl
#QCG nodes=4:12:2
#QCG queue=plgrid
#QCG stage-in-dir=.->.
#QCG stage-in-file=../minV04
#QCG stage-out-dir=outdata
#QCG stage-out-file=log
module load openmpi
mpirun -machinefile $QCG_NODEFILE --cpus-per-proc 6 --bysocket ./minV04 > log |
Zadanie parametryczne
Code Block |
---|
#!/bin/bash
#QCG walltime=PT5M
#QCG parameter-sweep=MONTH->list:Jan,Feb
#QCG parameter-sweep=DAY->for:0..10..5
#QCG output=${JOB_ID}.output
echo ${JOB_ID} parameters: MONTH=${MONTH} DAY=${DAY}
|
...