...
Obliczenia GPGPU (General-Purpose computing on Graphics Processing Units) to wykorzystanie procesorów graficznych wspólnie z jednostką CPU do przyspieszenia obliczeń naukowych i inżynierskich. Infrastruktura PLGrid oferuje swoim użytkownikom dostęp do maszyny zawierającej karty GPU.
Lokalizacja | ACK CYFRONET AGH |
---|
Nazwa systemu |
Zeus GPGPU | Prometheus K40XL | Prometheus V100 |
Nazwa maszyny dostępowej |
ui.cyfronet.pl | pro.cyfronet.pl | pro.cyfronet.pl |
Port dostępowy |
22 | 22 | 22 |
Liczba rdzeni obliczeniowych |
504 | 204plgrid-gpuhelpdesk@plgrid.pl, Parametry kart GPGPU
Parametr | Wartość |
---|
Dostępność | Zeus (plgrid-gpu) | Zeus (plgrid-gpu) | Promtheus (plgrid-gpu) | Promtheus (plgrid-gpu-v100) |
Producent | NVIDIA | NVIDIA | NVIDIA | NVIDIA |
Model | M2050 | M2090 | K40 XL | V100 |
Architektura | Fermi | Fermi | Kepler | Volta |
Szyna | PCI-Express 2.0 16x | PCI-Express 2.0 16x | PCI-Express 3.0 16x | NVLink |
Liczba rdzeni Tensor- | - | - | 640 |
Liczba rdzeni CUDA | 2880 | 5120 |
Maksymalna częstotliwość | 928 MHz | 1290 MHz |
Moc obliczeniowa (HP) | - | 31.33 Tflops |
Moc obliczeniowa (DP) | 1,78 Tflops | 7,834 Tflops |
Moc obliczeniowa (SP) | 5,34 Tflops | 15,67 Tflops |
Pojemność i typ pamięci | 12 GB GDDR5 | 32 GB HBM2 |
Przepustowość pamięci | 288 GB/s | 900 GB/s |
Dostęp do usługi
Dostęp do GPGPU jest możliwy po aktywacji usługi. Aby aktywować usługę, postępuj zgodnie z instrukcjami zawartymi w Katalogu Aplikacji i Usług po uprzednim wyszukaniu usługi.
...
Zlecanie zadań
Dostęp do węzłów z GPGPU
Dla zadań korzystających w obliczeniach z kart GPGPU przeznaczona została specjalna partycja - plgrid-gpu. Aby móc przeprowadzać obliczenia z wykorzystaniem GPGPU na klastrze Prometheus konieczne jest złożenie wniosku o grant właściwy, który przeznaczony zostanie w całości wyłącznie na obliczenia z wykorzystaniem kart GPGPU. Grant taki nie powinien być używany do przeprowadzania obliczeń w partycjach innych niż plgrid-gpu. We wniosku o grant należy wyraźnie zaznaczyć, że wymagany jest dostęp do partycji plgrid-gpu. Zalecane jest także (ale nie jest to konieczne), aby grant taki posiadał w nazwie wyraz gpu (np. obliczeniagpu) - ułatwia to identyfikację grantów. Każdy wniosek o dostęp do partycji plgrid-gpu jest rozpatrywany indywidualnie przez dostawcę zasobów.
Dodatkowo dla obliczeń dedykowanych AI została udostępniona partycja plgrid-gpu-v100 posiadająca karty GPGPU NVIDIA Tesla V100. Dostęp do nich realizowany jest podobnie, jak opisano powyżej dla partycji plgrid-gpu.
...
Code Block |
---|
|
#!/bin/bash
# NAMD GPPGU requires exactly one working node
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=24
#SBATCH -p plgrid-gpu
#SBATCH --gres=gpu:2
#SBATCH --time 1:00:00
module load plgrid/apps/namd/2.1314-ompi
cd $SLURM_SUBMIT_DIR
if [ ! -f stmv.tar.gz ]; then
wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/utilities/stmv.tar.gz
fi
tar -xvf stmv.tar.gz -C $SCRATCHDIR
cd $SCRATCHDIR/stmv
sed -i 's/500/5000/g' stmv.namd
sed -i 's/\/usr\/tmp\/stmv-output/\$env\(SCRATCHDIR\)\/stmv-output/g' stmv.namd
namdrun stmv.namd
|
...