Prawidłowa praca programu SWIP5 wymaga istnienia systemu katalogów. Główny katalog, gdzie jest umieszczony program, może być umieszczony w dowolnym miejscu na dysku. Jest on katalogiem roboczym programu:
- W katalogu głównym znajduje się program i biblioteki dynamiczne potrzebne do pracy programu, wspólne dla programu i jego modułów. W katalogu głównym mogą być zapisywane m.in. formy falowe, aczkolwiek zalecane jest tworzenie osobnych katalogów na bufory danych, niekoniecznie powiązanych z systemem plików SWIP5.
- W podkatalogu Cache trzymane są pliki tymczasowe i pliki robocze tworzone w trakcie pracy programy. Np. w tym katalogu są trzymane ikony z „piłkami plażowymi” tensorów momentów sejsmicznych.
- W podkatalogu Config trzymane są wszystkie pliki konfiguracyjne programu, jak również pliki dataless. Osobną rolę pełnią podkatalogi Config o nazwach Region XXX , gdzie XXX jest nazwą regionu. Jeżeli określony jest w programie region sejsmiczny, wtedy większość plików konfiguracyjnych jest czytana z podkatalogu Config/Region XXX , natomiast z katalogu Config czytane są pliki konfiguracyjne, gdy region nie jest określony lub w katalogu Config/Region XXX brakuje pliku konfiguracyjnego. Jest on następnie zapisywany do katalogu Config/Region XXX. Nazwa regionu może składać się z kilku wyrazów oddzielonych spacjami.
- Podkatalog Icons zawiera ikony i mapy bitowe wykorzystywane w programie.
- Do podkatalogu Logs zapisywane są logi pracy programu.
- Katalog Plugins zawiera wszystkie modułu programu. Funkcjonalność programu zależy od zawartości tego podkatalogu. Znajdują tam się pliki wtyczek, jako biblioteki dynamiczne (np. dll w Windows).
Oprócz wyżej wymienionych podkatalogów, mogą być potrzebne inne podkatalogi wykorzystywane przez konkretne moduły programu.