Definicja zadania

Zadanie, którego postęp wykonania ma być monitorowany musi zawierać dyrektywę "#QCG watch-output".

Dyrektywa ta odpowiedzialna jest za poinformowanie systemu o konieczności uruchomienia dodatkowego procesu monitorującego aplikację.

Jednym z argumentów dyrektywy "watch-output" jest skrypt monitorujący.

Skrypt monitorujący

Skrypt monitorujący postęp aplikacji uruchamiany jest automatycznie, cyklicznie przez środowisko QCG.Rolą tego skrypty jest wyszukanie zadanej informacji i przekazanie jej w odpowiednim formacie na standardowe wyjście. Informacja ta ze standardowego wyjścia jest przechwytywana i wysyłana do usługi QCG-Monitor.

Skrypt monitorujący musi być przesłany wraz z zadaniem za pomocą dyrektywy "#QCG stage-in-file".

Format wyjścia skryptu monitorującego

Wyjście skryptu monitorującego w pierwszej linii musi zawierać definicję formatu pozostałych danych w postaci

qcg.monitor.scheme=format

gdzie format jest jednym z predefiniowanych formatów rozumianych przez usługę QCG-Monitor.

Schematy danych

generic

• generic - dane wyświetlane są w niezmienionej formie. Kolejne dane dopisywane są do poprzednich.

generic2

• generic2 - dane wyświetlane są w niezmienionej formie. Kolejne dane zastępują poprzednie.

gaussian

• gaussian - schemat prezentujący tabele i wykres dla energii wyznaczonej przez aplikację gaussian.
  

Skrypt monitorujący:

#!/bin/bash
echo 'qcg.monitor.scheme=gaussian'
grep "SCF Done:" _stdouterr | awk '{print $5}'

gaussian_ext

gaussian_ext - rozszerzony monitoring aplikacji gaussian.

Skrypt monitorujący

#!/bin/bash
echo 'qcg.monitor.scheme=gaussianext'
echo "#energy#"
grep "SCF Done:" _stdouterr | awk '{print $5}'
echo "#force#"
grep "^ Maximum Force" _stdouterr | awk '{print $3}'
echo "#maxdispl#"
grep "^ Maximum Displacement" _stdouterr | awk '{print $3}'
echo "#rmsdispl#"
grep "^ RMS     Displacement" _stdouterr | awk '{print $3}'

piernik

• piernik - monitoring aplikacji "piernik"

   Expand source

  #!/bin/sh
  echo 'qcg.monitor.scheme=piernik'
  tac sedov_tst_000.log | grep -e "\s*@\s*0:\s*nstep\s*=" -m 1 || echo "-"
  cat sedov_tst_000.tsl

Przykładowe zadanie

Przykładowe opis zadania dla aplikacji gaussian z monitoringiem postępu wykonania:

#!/bin/bash

#QCG host=nova
#QCG queue=plgrid
#QCG note=Naphthalene gaussian

#QCG output=${JOB_ID}.output
#QCG error=${JOB_ID}.error

#QCG stage-in-file=Naphthalene.gjf
#QCG stage-in-file=gaussian.ntf
#QCG stage-out-dir=.->result.${JOB_ID}

#QCG nodes=1:2
#QCG walltime=PT10M

#QCG notify=xmpp:piotr.kopta@plgrid.pl
#QCG watch-output=20,gaussian.ntf

#QCG application=g09
#QCG argument=Naphthalene.gjf

Dostęp do portalu wizualizacyjnego

W celu uruchomienia aplikacji (portletu) należy otworzyć dowolną przeglądarkę WWW z zainstalowaną wtyczką Flash i wejść na stronę: https://portal.plgrid.pl

Po zalogowaniu przejść na zakładkę "Narzędzia" i z listy dostępnych narzędzi jednorazowo wybrać "Vine Toolkit".

Link do strony narzędzia "Vine Toolkit" będzie od tego momentu dostępny na liście w podzakładce "Moje narzędzia".

Proszę kliknąć link "Strona narzędzia" dla Vine  Toolkit.